一般的大学很少为生物物理单独设系，相应地，生物物理一般设在分子生物、生物化学、化学、计算机科学、数学、医学、药学、心理学、物理学、或纳米科学系等系所之下。以下是常见的设有有时会设有生物物理学专业的系，按所设系不同，一般其研究的方向也不同。
生物系或分子生物系：绝大多数的生物物理学专业都是开在这两个系之下。其研究内容一般包括：基因调控(gene regulation)、单一蛋白质动态(single protein dynamics)、生物能(bioenergetics)、膜片钳(patch clamping)、生物力学(biomechanical)。
结构生物学系(Structural biology)：主要研究蛋白质、核酸、脂肪、碳水化合物、及它们的复合体的结构。
生物化学系或化学系：主要研究生物分子结构、RNA、核酸结构、结构-活性关系。
计算机系：主要研究神经网络(Neural networks)、生物分子和药物数据库。
计算化学系(Computational chemistry)：主要研究分子动力模拟(molecular dynamics simulation)、分子对接(molecular docking)和量子化学(quantum chemistry)。
生物信息系(Bioinformatics)：主要研究DNA/RNA序列比对(sequence alignment)及结构比对(structural alignment)、蛋白质结构预测(protein structure prediction)
数学系：主要研究与生物学相关的图形/网络理论、人口建模、动力系统、系统发育(phylogenetics)
医学或神经科学系：主要研究如何从实践上和理论上掌握神经网络(neural networks)，膜介电常数(membrane permitivity)，基因治疗(gene therapy)，了解肿瘤(tumors)
药学或药理学系：主要研究膜通道(channelomics)、生物分子相互作用(biomolecular interactions)、细胞膜(cellular membranes)、聚酮化合物(polyketides)
物理系：主要研究与生物学相关的负熵(negentropy)、随机过程(stochastic processes)、 涵盖动态(covering dynamics0等理论。
量子生物物理系：主要使用量子力学的观点研究生物物理。
农学与农业系。
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